Het Prinses Margrietkanaal is de belangrijkste vaarverbinding tussen de sluizen bij Lemmer, door Fryslân naar de sluizen bij Gaarkeuken. Het kanaal loopt door het Sneekermeer, de Pikmeer en de Bergumermeer.

400×267px Zuidelijke monding van Prinses Margrietkanaal in het Pikmeer bij Grou

Het Prinses Margrietkanaal is de snelste route voor binnenschepen die van Amsterdam naar Delfzijl willen varen en daarbij van het IJsselmeer gebruik maken.
Bij de sluizen van Lemmer worden de schepen geschut en komen dan op de boezem van Fryslân, het peil is tot aan Gaarkeuken steeds - 0.52 cm NAP. Onderweg zijn er geen sluizen meer.

400×267px Prinses Margrietsluis bij Lemmer

Pas bij Gaarkeuken varen de schepen de boezem van het waterschap Noorderzijlvest binnen met een lager peil: -0.93 cm NAP. Vanaf Gaarkeuken tot aan de sluizen bij Oosterhoogebrug heet het kanaal: Van Starkenborghkanaal. Aan de oostkant van de stad Groningen ligt ook een sluis en dan gaat het via het Eemskanaal naar Delfzijl.

600×360px Sluis bij Gaarkeuken

De vaarroute is opgewaardeerd tot klasse V, dat wil zeggen, dat er steeds grotere (container)schepen zullen gaan varen. Enkele belangrijke knelpunten zullen worden aangepakt: bochten worden rechtgetrokken of bruggen zullen worden vervangen.

400×287px

De aanleg van het kanaal begon al in 1930 en zou pas in 1951 zijn voltooid. Soms wordt er gebruik gemaakt van oude bestaande kanalen, die dan op breedte en diepte zijn gebracht.

400×600 De Friese boezem (PM-kanaal van ca 1942) doorsnijdt de "Nesserdyk" die van Grou naar Akkrum liep. Het peil van de Friese boezem ligt duidelijk hoger dan het dorp Grou in het "Lage Midden"

Met name het gedeelte tussen het tolhuis van Zuidhorn, waar het Hoendiep nu in het Van Starkenborghkanaal stroomt, tot aan Gaarkeuken was de bestaande vaarverbinding tussen Groningen en Leeuwarden die al in de 16e eeuw was gegraven. Ook in Friesland is gebruik gemaakt van meren en plassen (o.a. bij Grou), waardoor het niet nodig was om het hele kanaal opnieuw te graven.

De route is vooral bedoeld voor de beroepsscheepvaart. Door het feit, dat de omvang van de schepen zal toenemen en daarbij de verwachting dat er steeds meer containerschepen zullen gaan varen, wordt het noodzakelijk om alternatieven aan te bieden voor de recreatievaart.

Het Prinses Margrietkanaal is ook van zeer groot belang voor de waterhuishouding in Friesland. Het is één van de boezemwateren waarop het water vanuit de polders wordt uitgeslagen door middel van poldergemaalpoldergemalen.
Naast het Prinses Margrietkanaal zijn de Friese meren ook onderdeel van de boezem van Friesland.

Bij een teveel aan water zorgt het Prinses Margrietkanaal er voor dat het water wordt afgevoerd naar het ir. D.F. Woudagemaal. Als dit gemaal in werking is gesteld, dan slaat het gemaal het overtollige water uit op het IJsselmeer. Het kanaal is dus de levensader van de Friese boezem.
De aanvoer naar het ir. D.F. Woudagemaal gaat via het Prinses Margrietkanaal en iets ten zuiden van de Grote Brekken is tijdens de bouw van het gemaal een speciaal aanvoerkanaal naar het gemaal gegraven: het stroomkanaal.

Welke route er voor de afvoer van het overtollige water wordt gekozen, hangt af van de windrichting. Bij een wind uit het zuidwesten zal het water bij Dokkumer Nieuwe zijlen worden afgevoerd op het Lauwersmeer en bij een wind uit het noordwesten zal het water in eerste instantie via het Prins Johan Frisokanaal naar het J.L. Hooglandgemaal bij Stavoren worden uitgeslagen op het IJsselmeer. Het Prins Johan Frisokanaal gaat naar de Fluessen en vanaf dit meer zijn er twee verbindingen: (de Jeltesloot en de Wellesloot) met het De Koevorder waar het Prinses Margroetkanaal ook doorheen loopt. Als het J.L. Hooglandgemaal de hoeveelheid water in het zuidwesten niet alleen weg kan pompen, dan wordt het ir. D.F. Woudagemaal ook opgestart.