Het IJsselmeer is in 1932 ontstaan toen de afsluitdijk werd gesloten en een verbinding tussen Noord-Holland en Friesland in de voormalige Zuiderzee vormde. Het deel tussen de Noordzee en de voormalige Zuiderzee wordt Waddenzee genoemd en de voormalige Zuiderzee staat nu bekend onder de naam IJsselmeer.

""
Het IJsselmeer bij Medemblik

Het IJsselmeer is ontstaan uit de Zuiderzee, die op zijn beurt weer een voortzetting was van het Flevomeer en de Almere. Ook de polders van de provincie Flevoland zijn gewonnen op de Zuiderzee.

Het IJsselmeer wordt in belangrijke mate gevoed door het water van de rivier de IJssel. Daarnaast zijn er nog tal van beken en kanalen die direct of indirect op het IJsselmeer uitkomen. Naast het ir. D.F. Woudagemaal begint of eindigt het Prinses Margrietkanaal.

""
Aanleg van de Afsluitdijk in 1932

Nadat het IJsselmeer in 1932 is ontstaan, heeft dit belangrijke gevolgen voor de flora en fauna in, rondom en op het water. Het zoute water wordt geleidelijk aan brak en in 1934 is het water al grotendeels zoet geworden. De oorspronkelijke Zuiderzeevisserij moet zich hierop aanpassen of moet zelfs verdwijnen, omdat de visstand nu sterk verandert en vermindert. De vissen kunnen bovendien niet meer vrij in- en uitzwemmen door de vrijwel algehele afsluiting.

In het begin van de 21e eeuw is men bezig met het ontwerpen van plannen tot aanpassing van de Afsluitdijk: hoewel de waterstaatkundige veiligheid uiteraard voorop staat, probeert men bij deze plannen ook rekening te houden met de huidige milieueisen en de belangen van het toerisme. In deze plannen wordt rekening gehouden met een zo goed mogelijke verbinding tussen Waddenzee en IJsselmeer ten behoeve van de visstanden. De eerste zogenoemde vistrappen zijn in dit kader al gerealiseerd.

""
Inlaatsluis Teroelsterkolk.

Het IJsselmeer vormt een belangrijk zoetwaterreservoir voor de aangrenzende provincies. In het voorjaar en in tijden van grote droogte, als er sprake is van waterschaarste door sterke verdamping, wordt er op grote schaal water vanuit het IJsselmeer in de boezemsystemen ingelaten.

Ook het Wetterskip Fryslân laat dan water in. Naast het ir. D.F. Woudagemaal is een inlaatsluis gebouwd, waar zoet water de boezem in kan stromen. Door het peilverschil tussen het IJsselmeer -0.20 cm NAP en de dieper gelegen boezem van Friesland (-0.52 cm) valt het water naar beneden en stroomt vervolgens Friesland binnen.

""
Dijk en IJsselmeer bij Lelystad

Omdat ook de andere aangrenzende provincies gebruik maken van dit zoetwaterreservoir, is het niet toegestaan om ongelimiteerd water aan het IJsselmeer te onttrekken. De scheepvaart moet veilig gebruik kunnen blijven maken van de vaarroutes die over het IJsselmeer lopen, bijvoorbeeld tussen de monding van het Prinses Margrietkanaal en Amsterdam.

Het IJsselmeer kent nauwelijks diep water. Op veel plaatsen is het niet dieper dan 3 tot 5 meter. Met hier en daar een uitschieter naar 10 tot 15 meter.

In tijden van extreme droogte wordt er zelfs water vanuit het IJsselmeer aangevoerd naar delen van de provincie Zuid-Holland, in feite wordt er dan gebruik gemaakt van een omgekeerde stroomrichting. Het water uit het IJsselmeer is dan vooral nodig om de zogenaamde zoutwatertong die bij droogte via de Nieuwe Waterweg en de Hollandse IJssel dieper landinwaarts dringt terug te dringen. Grote concentraties zout komen dan tot voorbij Gouda voor. Een te hoge concentratie zout in het water is slecht voor de land- en tuinbouw.

""
Prinses Margrietsluis bij Lemmer-Tacozijl.

Langs het IJsselmeer zijn meerdere sluizen gebouwd om de scheepvaart doorgang te verlenen. Bij Lelystad in de Markerwaarddijk, de dijk tussen Lelystad - Enkhuizen, ligt de Houtribsluis. Hier vaart het scheepvaartverkeer van het IJsselmeer het Markermeer in of uit. Bij Enkhuizen ligt het tweede sluizencomplex: de Krabbersgatsluis. Dit complex bij Enkhuizen is belangrijk aangepast door er een naviduct te bouwen. Scheepvaart- en wegverkeer zijn op dit punt van elkaar gescheiden.