Het woord Zijl is vanouds een Fries woord (Syl), dat later door het Nederlands is overgenomen. In Fryslân stamt het woord Syl reeds uit de tijd van de bedijking van de eerste polders: het is de sluis (schot), waardoor men het overtollige water uit het polderyje naar het wad (de zee) liet afvoeien. Een Syl is dus een afwateringssluis.

""
Tekening van een zijl (afwateringssluis)

De sloot of de oude slenk in het poldertje, waarlangs het water naar de Syl stroomde, heet een ryd of meer.

In Groningen is een zijl een waterleiding of gracht, waardoor men het overtollige water kon afvoeren. Het woord zijl duikt in de provincie Groningen voor het eerst in 1385 in een geschreven bron op als er over silrjichten wordt gesproken.

Toch moet het al ouder zijn, want in 1277 wordt het gebruikt in het Land van Heusden en Altena, als er over een "zilis" wordt gesproken. Dit laat onverlet, dat het gebruik van het woord Syl binnen Fryslân van nog oudere datum is: in de oude Friese wetgeving. (vanaf 800)

Het woord kan op verschillende manieren geschreven zijn: zijl, zijle, zile, zijll, syl en sijhl.

In de provincie Groningen komt het woord zijl in de volgende samenstellingen voor: zijlrecht, zijlrechter en zijlvest. Het zijlrecht bevat bepalingen over het afvoeren van water. In de naam van het waterschap Noorderzijlvest klint het woord zijl en zijlvest nog door.

Ook in Fryslân is het woord Syl langdurig in gebruik geweest: Boazumersyl, Hidaardersyl, Weidumersyl en bij Kollum het Zijlsterried (syl is de sluis, ryd is het afvoerkanaal) en de Dokkumer Nieuwe Zijlen (afvloeiingssluizen) om een paar voorbeelden te noemen.

Ook in Holland en Zeeland werd het woord zijl vooral in de betekenis van uitwateringssluis gebruikt en dus niet in de betekenis van waterleiding of gracht waardoor het water werd afgevoerd.

In plaatsnamen komt de zijl ook veelvuldig voor: Nije Sijl en Oude Sijl, Ossenzijl, Schouwerzijl. In de Riedpolder (gemeente Franekeradeel) ligt de Roptazijl aan het eind van de Roptavaart en de Dijkvaart. Bij Deinum is het Zijlster rak de oude vaarverbinding tussen Harlingen en Leeuwarden totdat Van Harinxmakanaal werd gegraven. Nu is het Zijlster rak niet meer dan een bypass tussen het Van Harinxmakanaal en de Harlinger Vaart. Bij Leiden is het eveneens de naam van een waterverbinding tussen de Oude Rijn en de Kagerplassen.