In 1932 wordt de Zuiderzee definitief afgedamd met de realisering van de Afsluitdijk. Het Woudagemaal ligt niet meer "open" voor eb en vloed. De naam Zuiderzee verdwijnt. Immers: de zee is door de afdamming een meer geworden. Het krijgt de naam van de grootste rivier die in het nieuwe meer uitwatert: IJsselmeer.

""
Luchtfoto van het gemaal.
""
Zeezijde van het gemaal bij stormachtig weer.
""
Uitzicht richting Lemmer bij stormachtig weer.
""
Uitzicht op de Lemster Baai bij stormachtig weer.

Het Woudagemaal blijft weliswaar een boezemgemaal, maar het slaat nu zijn water niet meer direct uit op zee. Het water wordt nu uitgeslagen op het IJsselmeer en draagt zodoende samen met de rivier de IJssel bij aan de vulling van het IJsselmeer met zoet water.

Het waterpeil van het IJsselmeer wordt geregeld door het spuien van water naar de Waddenzee via de schutsluizen en spuisluizencomplexen van de Afsluitdijk: De Stevinsluizen en de Lorentzsluizen. Daarmee slaat het Woudagemaal als boezemgemaal zijn water nu indirect uit op zee.

Ook de omgeving van het Woudagemaal verandert: aan de overkant ligt nu niet meer het onafzienbare water van de Zuiderzee, maar de forse dijk van de Noordoospolder. Deze dijk vormt samen met de oude Zuiderzeedijk en de havenkom van Lemmer de zogenoemde Lemster Baai. In de jaren van de Tweede Wereldoorlog wordt bovendien westelijk van het Woudagemaal ook het sluizencomplex van het Prinses Margrietkanaal aangelegd.

Hoewel het Woudagemaal nu meer ingesloten en beschut ligt, kan het af en toe rond het Woudagemaal toch nog flink "spoken". Als het gemaal weer eens moet worden ingezet vanwege de hoge en problematische waterstand van de Friese boezem, betekent dat meestal ook dat dit samenvalt met de herfst- en winterperiode, dus het stormseizoen. Zo verricht het Woudagemaal zijn taak vaak onder stormachtige weersomstandigheden. Bijgaande foto's geven een impressie van die omstandigheden.